Родился 8 октября (26 сентября по старому стилю) 1823 года в с. Надеждино Белебеевского уезда Уфимской губернии.

В 1842 г. Иван Сергеевич окончил петербургское Училище правоведения и, не без колебаний, поступил на службу в существовавший ещё тогда в Москве сенат. Канцелярская служба не могла удовлетворить его и он, пренебрегая связями отца, сулившими молодому юристу блестящую карьеру, скоро перебрался в провинцию, сначала участником сенаторской ревизии князя П. П. Гагарина, а потом в качестве члена Калужской уголовной палаты. Но и судейство свое Иван Сергеевич скоро оставил; он жаждал деятельности более живой и практически полезной, чего при условиях той жизни прямо невозможно было найти на поприще провинциального судейства.

В 1848 г. он стал чиновником особых поручений при министерстве внутренних дел и тотчас же выхлопотал себе командировку в Бессарабию по делам раскольничьим, а потом в Ярославль для ревизии городского управления, введения единоверия и изучения секты «бегунов». К поручениям Аксаков относился серьёзно, и донесения его начальству отличались столько же правдивостью, сколько и изяществом изложения. В 1852 г. Иван Сергеевич вышел в отставку и посвятил себя журналистике, - с этих пор начинается его публицистическая деятельность, принесшая в конце столько славы, а рядом с нею, вплоть до самой смерти, и борьбы как с литературными врагами, так и с условиями цензуры. II том его «Московского Сборника», этого первого шага его редакторства, уничтоженный и причинивший столько неприятностей, кроме всего принёс И. С. Аксакову и запрещение когда бы то ни было быть издателем или редактором журнала. В это печальное для него время Географическое Общество предложило ему командировку на юг, в Малороссию. Результатом поездки явилось «Исследование о торговле на украинских ярмарках», изданное на средства Общества, доставившее исследователю большую Константиновскую медаль и половинную Демидовскую премию от Академии Наук. 1855 и 1856 годы Иван Сергеевич пробыл в Бессарабии, командуя отрядом московского ополчения. Это командование кончилось полемикой с графом Строгановым, командиром ополчения и «аксаковским влиянием» на ополченцев, которое граф наблюдал при роспуске дружины. Аксаков был, между прочим, казначеем дружины и, представленный им командиру отчет его явился обвинительным актом всех других, — командующий не решился подписать его.

В марте 1856 г. участвовал в комиссии, снаряженной князем Васильчиковым для расследования интендантских дел Затлера и К°, в декабре окончательно вернулся в Москву. В 1857 Аксаков негласно редактировал журнал «Русская беседа», в 1859 выхлопотал право на издание еженедельной газеты «Парус», прекращённой на втором же номере. Заменивший «Парус», «Пароход», разрешением которого Чижову, одному из близких к Аксакову, хотели прекратить всеобщее недоумение, при поставленных условиях, не мог удовлетворить И. С. Аксакова и он вернулся к «Русской Беседе». Смерть отца, болезнь и смерть брата надолго остановили деятельность Аксакова и лишь с середины 1861 г. вернулся он к литературе. С конца этого года начал выходить «День», имевший сначала огромный успех; но уже с июля 1862 г. под газетой стал подписываться Ю. Ф. Самарин. «День» просуществовал до конца 1865. С начала 1857 и по октябрь 1868 выходила аксаковская газета «Москва». «Москву» заменил «Москвич» того же И. С. Аксакова, но под другой подписью.

В конце 1860-х г. Аксаков женился на фрейлине А. Ф. Тютчевой и, с закрытием газеты, посвятил себя делам Московского Славянского Комитета, а также (с 1874 г.) взял место председателя совета Московского Общества Взаимного Кредита.

Годы сербской войны, добровольцев и войны с Турцией доставили Аксакову ораторскую славу и всемирную известность, увенчавшуюся кандидатурой его на болгарский престол, выдвинутой некоторыми болгарскими избирательными комитетами. За речь, произнесенную в Славянском Комитете во время Берлинского конгресса, порицавшую наших дипломатов, Аксаков был выслан из Москвы и провёл несколько месяцев в селе Варварине, Юрьевского уезда, Владимирской губернии. С ноября 1880 г. начала выходить «Русь». Весной 1885 г., утомленный душевно в физически, Иван Сергеевич приостановил свое издание и провёл несколько месяцев в Крыму. Он отдохнул там, но не излечился, — у него была болезнь сердца, от которой он и умер 8 февраля (27 января по старому стилю) 1886 года в Москве.

Известие о смерти И. С. Аксакова облетело весь мир и везде произвело глубокое впечатление. Сочинения И. С. Аксакова были изданы его женой в 7 томах. Кроме того вышло 2 тома его переписки и собрание стихотворений.